Qarabağ müharibəsi dövründə Füzuli bu müharibənin ağrı-acısını ən çox yaşayan rayonlardan olub.
QEYD: Füzulinin 850-dən çox şəhid və itkini, 113 girovu, 1450 nəfər müxtəli dərəcəli əlili var. Ermənilərin təcavüzü nəticəsində 36 361 uşaq zərər çəkib.Onlardan 155 nəfəri yetim qalıb.
Rayonun Dağlıq Qarabağla həmsərhəd kəndləri hələ 1989-cu ildən erməni quldur dəstələrinin basqına məruz qalıb. 1990-cı ilin yanvar ayının 11-də Füzuli şəhərinə sovet ordusunun ruslardan ibarət desant birləşmələri yeridilib. Artıq həmin dövrdə rayonun Qacar, Yuxarı Yağlıvənd, Gövşad, Hoğa, Qoçəhmədli və digər kəndləri erməni silahlılarının basqınlarına məruz qalırdı. Düşmənin hücumlarının dəf edilməsi məqsədi ilə rayonun kəndlərindən və respublikanın digər bölgələrindən gələn könüllülərdən ibarət bölüklər və taborlar yaradılmağa başladı. İlk dövrlər ov tüfəngləri və kustar üsulla hazırlanmış silahlarla silahlanan bu könüllülər rus hərbçiləri tərəfindən atıcı silahlarla təmin olunmuş ermənilərin basqınlarını dəf edirdilər. Artıq 1991-ci ilin sonu, 1992-ci illərin əvvəllərində Füzuli rayonunda ilk taborlar formalaşdırıldı. Qeyd olunan dövrdə rayonun müdafiəsi 4 könüllü tabor və rayon polisi tərəfindən təşkil olunmuşdu.
1992-ci ilin 16 mart tarixində ermənilər Füzuli şəhərini və ətraf yaşayış məntəqələrini «Qrad» reaktiv-atəş sistemlərindən və toplardan atəşə tutdu. Şəhərin mərkəzinə, eləcə də rayon hərbi komissarlığının həyətinə düşən mərmilərin partlayışı nəticəsində onlarla insan həlak oldu və yaralandı. Bundan sonra əhali şəhəri tərk etməyə başladı.
1992-ci ilin yay ekspanasiyası zamanı Azərbaycan Silahlı Qüvvələri Füzuli rayonu istiqamətində də hücumlarını davam etdirdi. Füzuli rayonunun Hadrutla həmsərhəd bəzi kəndləri, eləcə də Xocavənd rayonunun bir neçə kəndi quldur dəstələrindən təmizləndi. Lakin təəssüflər olsun Ki sonradan bu əməliyyatlar uğursuzluqla nəticələndi. 1993-cü il yanvarın 3-də sübhə yaxın Aşağı Veysəlli kəndinə hücum edən düşmən bir neçə gün əvvəl Azərbaycan əsgərləri tərəfindən azad edilmiş kəndi dağıdır. Döyüşlərdə 50-yə yaxın Azərbaycan könüllüsü həlak olur.
1993-cü ilin avqust ayında cəbhənin bütün istiqamətlərində əks hücuma keçən ermənilər Azərbaycanda siyasi hakimiyyət uğrunda mübarizədən yararlanıb Füzuli şəhərini işğal etdilər. Bundan sonra düşmən qüvvələri bir neçə istiqamətdə Arazboyu yaşayış məntəqələrinə doğru irəlilədi. Məqsəd regionda strateji cəhətdən ən əhəmiyyətli, regional kommunikasiyaların kəsişdiyi Horadiz qəsəbəsinin ələ keçirilməsi idi. Horadizin işğalı, eləcə də Əhmədbəyli kəndi istiqamətində «Dörd yol» deyilən əraziyə çıxmaqla düşmən o zaman işğal olunmamış Cəbrayıl, Qubadlı və Zəngilan rayonlarını faktiki olaraq blokadaya salırdı.
Horadiz qəsəbəsinin müdafiəsini sərhəd qoşunlarının burada yerləşən komendantlığı təşkil etmişdi. Bir neçə gün davam edən döyüşdən sonra qüvvələrin qeyri-bərabər olması səbəbindən sərhəd zastavası mövqelərini tərk edərək geri çəkilir. Ermənilər Horadiz qəsəbəsini və İranla sərhəddə yerləşən su anbarı üzərindəki körpünü tutur. Qəsəbədəki bütün inzibati və yaşayış minaları, neft bazası, dəmir yolu vağzalı və s. yandırılır. Qeyd edildiyi kimi, Horadizin işğalı ilə digər rayonlar faktiki olaraq blokadaya düşür.
Araz boyunca Beyləqana doğru irəliləyən düşmən qüvvələri Arayatlı, Babı, Əhmədalılar, Kərimbəyli, Araz Yağlıvənd kəndlərini işğal edir. 1993-cü il noyabrın 7-də ermənilər 400 nəfərə yaxın canlı qüvvə, 30-a yaxın tank və zirehli transportyorun iştirakı ilə rayonun ən böyük yaşayış məntəqəsi olan Böyük Bəhmənli kəndinə hücuma keçir. Kəndin bir hissəsini işğal edən düşmən qüvvələri Azərbaycan Silahlı Qüvvələriin ciddi müqaviməti ilə qarşılaşır. Bu kənddə yerləşən sərhəd zastavasının 30 nəfər şəxsi heyəti qəhrəmanlıq nümayiş etdirərək 2 gün ərzində düşmənin bütün hücumlarını dəf edir. Düşmən xeyli sayda canlı qüvvəsini bu döyüşlərdə itirir. Sərhədçilər də bir neçə şəhid verir. Sabiq prezident Heydər Əliyevin göstərişi ilə əraziyə Azərbaycan ordusunun əlavə qüvvələri dislokasiya olunur. İki aya yaxın davam edən qanlı döyüşlər zamanı ermənilər Böyük Bəhmənli kəndinin bir hissəsini işğal etsələr də kəndi tam ələ keçirməyə nail olmurlar. Dekabr ayında yenidən hücum edən düşmən bu dəfə Daxili Qoşunların müqaviməti ilə qarşılaşır. Daxili Qoşunların 5 əsgəri düşmən tankı ilə qeyri-bərabər döyüşdə geri çəkilməyərək həlak olur. Düşmən də bir neçə texnikasını itirərək yenidən geri çəkilməyə məcbur olur.
1994-cü il yanvarın 5-dən 6-na keçən gecə Azərbaycan Silahlı Qüvvələri Arazboyunca və Əhmədbəyli-Kürdmahmudlu-Alxanlı kəndləri istiqamətində əks hücuma keçir. İki gün davam edən döyüşlərdə Azərbaycan ordusu cüzi itki verməklə Horadiz qəsəbəsini və ətraf kəndləri düşməndən təmizləyir. Ermənilər bir neçə yüz nəfər canlı qüvvə itirir. Lakin Kənd Horadiz istiqamətində düşmənin müqavimətini yarmaq mümkün olmur və qüvvələr müdafiə mövqeyinə keçir.
Alxanlı istiqamətində hücum edən qüvvələrimiz isə Qaraxanbəyli, Qorqan kəndlərinədək irəliləməyə nail olur.
Füzuli rayonunun işğal olunmuş kəndlərinin azad edilməsində yerli polislər, Daxili Qoşunlar, Sərhəd Qoşunları, həmçinin Hərbi Hava Qüvvələri, özünümüdafiə dəstələrəi mühüm rol oynayır. Azəranbaycan həyata keçirdiyi döyüş uçuşları zamanı ermənilər çoxlu sayda canlı qüvvə və hərbi texnika itirir.
1994-cü il mayın 10-da atəşkəs imzalandı və o zamandan cəbhə xəttinin digər hissələrində olduğu kimi Füzuli rayonunda da «nə hərb, nə sülh» vəziyyəti hökm sürür.
1993-cü ilə qədər gedən döyüşlərdə rayon sakinlərindən 850 nəfərdən artıq şəhid, 1400 nəfərə yaxın şəxs isə əlil olub. Füzulinin yerli müdafiəçilərindən 6 nəfər döyüşlərdə göstərdikləri şücaətə görə, Azərbaycanın ən yüksək fəxri titulu olan Milli Qəhrəmanı adına layiq görülüb, yüzlərlə döyüşçü isə dövlətin müxtəlif orden və medalları ilə təltif olunub.